Avant le développement des antibiotiques au XXe siècle, les sociétés humaines se sont souvent retrouvées désemparées face à de nombreuses maladies. Si la grande peste noire médiévale est certainement l’exemple qui nous vient tous en tête, elles sont en réalité des dizaines à avoir fait des ravages au cours de l’histoire. C’est le cas de la fièvre typhoïde, causée par la bactérie Salmonella enterica sérovar Typhi (S. Typhi). Cette dernière a particulièrement sévi lors des conflits armés de la fin du XIXe siècle (guerre de Sécession américaine ou guerre des boers) et profité de l’explosion démographique des grandes villes comme Paris, Londres, Chicago ou New York pour se répandre.
Bien que maîtrisée dans les pays disposant d’infrastructures sanitaires modernes, cette infection bactérienne continue de contaminer des millions de personnes chaque année, essentiellement via de l’eau ou des aliments souillés. Non traitée, elle peut être mortelle dans près d’un cas sur cinq. En août 2022, une vaste analyse génomique a été publiée dans la revue The Lancet Microbe : ses auteurs y faisaient état d’un essor de souches résistantes aux principaux antibiotiques oraux dont on se sert pour la traiter. « La vitesse à laquelle des souches hautement résistantes ont émergé et se sont propagées ces dernières années est une réelle source d’inquiétude », alertait alors Jason Andrews, spécialiste des maladies infectieuses à Stanford.
Un superpathogène en devenir ?
Entre 2014 et 2019, plus de 3 489 génomes bactériens provenant du Népal, du Bangladesh, du Pakistan et de l’Inde ont été séquencés. Ces variants, en plus d’être résistants aux antibiotiques, ont désormais quitté l’Asie : on les retrouve dans la partie orientale du continent africain, mais également dans des pays développés, comme au Royaume-Uni, aux États-Unis ou au Canada. Des souches appelées XDR pour « Extensively Drug-Resistant », c’est-à-dire à résistance étendue.
Plus précisément, cela signifie qu’elles ne répondent plus aux antibiotiques de première ligne (ampicilline ou triméthoprime-sulfaméthoxazole), ainsi qu’aux nouveaux traitements, plus puissants comme les fluoroquinolones (antibiotiques qui bloquent la réplication de l’ADN bactérien) ou les céphalosporines de troisième génération (antibiotiques utilisés en milieu hospitalier pour traiter les infections sévères). À force d’y être exposées, ces souches XDR de S. Typhi ont muté et ont acquis des fragments d’ADN extérieurs (des plasmides) leur permettant de produire des enzymes inactivant ces traitements.
Il ne reste aujourd’hui qu’un antibiotique oral efficace face aux souches XDR : l’azithromycine, un macrolide qui paralyse la production de protéines vitales chez la bactérie. Malheureusement, l’étude menée en 2022 a démontré une propagation de mutations conférant une résistance à l’azithromycine, alors même que ce traitement n’est largement disponible sur le marché que depuis le début des années 1990.
Si ces mutations s’additionnent à celles des souches XDR, nos options thérapeutiques seront de plus en plus limitées, puisque la prise en charge nécessiterait obligatoirement des antibiotiques administrés par voie intraveineuse, comme le méropénem. Un tel traitement impose une hospitalisation et une surveillance médicale très étroite, ce qui compliquerait considérablement l’accès aux soins dans les régions où la typhoïde est endémique.
En 2024, environ 13 millions de personnes auraient été infectées par la fièvre typhoïde dont près de 70 % en Asie du Sud. En plus de cela, près de 200 épisodes de dissémination transfrontalière de souches XDR ont été recensés depuis les années 1990. Même s’il ne s’agit pas d’une menace pandémique comparable aux virus grippaux ou le SARS-CoV-2, comme S. Typhi n’infecte que l’être humain, la circulation de souches déjà adaptées à notre espèce est grandement facilitée.
La situation reste maîtrisable et la prochaine pandémie à craindre n’est certainement pas celle-ci, mais la progression des souches XDR demeure malgré tout très inquiétante. Notre arsenal thérapeutique est de plus en plus réduit pour les contrer, et toutes les données montrent qu’elles évoluent plus vite que notre capacité à développer de nouvelles molécules. C’est pourquoi l’Organisation mondiale de la Santé (OMS) a placé S. Typhi sous haute surveillance et se démène pour que le vaccin conjugué contre la typhoïde (TCV) soit intégré dans les programmes de vaccination des pays où la bactérie est endémique. Il est aujourd’hui, notre dernier vrai rempart pour réduire la consommation d’antibiotiques et casser le cycle vicieux menant à l’apparition de nouvelles résistances.
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