NVIDIA offre aux chercheurs un accès libre à Parabricks pour accélérer la recherche d’un vaccin contre le Covid-19

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Par Gregori Pujol le

La mise à disposition de Parabricks, la suite logicielle bio-informatique optimisée pour le GPU, et dédiée à l’analyse génomique, va aider à accélérer les travaux de recherche sur la compréhension du nouveau coronavirus et la lutte contre le Covid-19.

Une véritable course contre la montre est engagée et mobilise les acteurs du monde entier. En particulier, ceux de la santé et de la recherche. En réponse à la pandémie, NVIDIA a décidé de partager avec les chercheurs qui s’y consacrent, des outils logiciels capables d’accélérer le processus de découverte afin de mieux comprendre le coronavirus et y apporter plus rapidement des réponses.

Depuis quelques jours, NVIDIA fournit une licence Parabricks gratuite, de 90 jours, pour tout chercheur impliqué dans la lutte contre le coronavirus. Couvrant tout le « pipeline » GATK (Genome Analysis Toolkit), qui est la norme industrielle pour l’identification des SNP (Single-nucleotide Polymorphysm) et les comparaisons d’ADN, Parabricks profite de l’accélération GPU pour réduire les délais d’analyse génomique jusqu’à 50 fois.

Tous les chercheurs ayant accès aux GPU NVIDIA peuvent remplir ce formulaire pour faire la demande d’une licence Parabricks gratuite. Pour les chercheurs travaillant sur les données de séquences de longue lecture « long read » d’Oxford Nanopore, un ensemble d’outils logiciels optimisés pour le GPU est disponible sur GitHub. En outre, les applications suivantes intègrent d’emblée des accélérations sur GPU NVIDIA : MedakaRaconRavenReticulatusUnicycler.

Les chercheurs procèdent au séquençage du coronavirus et des génomes des personnes atteintes de Covid-19 afin de mieux comprendre, entre autres, la propagation de la maladie, et d’identifier les populations les plus à risque ; mais l’analyse génomique prend du temps et requiert de la puissance de calcul.

Le logiciel Parabricks, dont l’équipe a rejoint NVIDIA en décembre 2019, est capable de réduire les temps nécessaires à l’appel des variants sur les séquences de génome entier (WGS) humaines, le faisant passer de quelques jours à moins d’une heure et ce en n’utilisant qu’un seul serveur. Compte tenu de la propagation sans précédent de la pandémie, obtenir des résultats en quelques heures plutôt qu’en quelques jours peut avoir un impact très significatif sur la compréhension du virus, de son évolution et, donc, sur le développement de vaccins.

NVIDIA mobilise également son écosystème de partenaires dans cet effort urgent d’aide à la communauté de chercheurs. Des discussions sont actuellement en cours avec des fournisseurs de services « cloud » et des centres possédant des supercalculateurs afin de fournir des ressources de calcul supplémentaires et proposer un accès libre aux solutions Parabricks sur leurs plateformes.