Le virus SRAS-CoV-2 provient bien d’un processus naturel

Science

Par Felix Gouty le

Des biologistes californiens le confirment : le coronavirus SRAS-CoV-2 n’est pas le résultat du bioterrorisme ou de manipulation génétique, mais bien de l’évolution et de la sélection naturelle.

Un pangolin, animal dont les espèces sont considérées comme “réservoirs” du coronavirus SRAS-CoV-2 (Crédits : Adam Tusk / Flickr).

“Nos analyses montrent très clairement que le virus SRAS-CoV-2 n’est pas le résultat d’une expérience de laboratoire ou d’une manipulation (génétique) volontaire”, déclare fermement des biologistes de l’Institut de recherche Scripps, en Californie, dans une nouvelle étude publiée dans la revue scientifique Nature. Depuis la fin du mois de décembre 2019, date à laquelle de premières infections au SRAS-CoV-2 sont apparues à Wuhan, en Chine, de nombreuses théories se sont propagées concernant l’origine de ce coronavirus. Aujourd’hui, des chercheurs américains infirment toutes celles qui sont infondées scientifiquement : accident de laboratoire, bioterrorisme, génie génétique, etc. La seule origine du virus à l’origine de la pandémie actuelle de pneumonie virale COVID-19 est naturelle.

Le fruit de la sélection naturelle

Comme suspecté depuis le début de cette crise sanitaire, le coronavirus SRAS-CoV-2 est le produit d’une zoonose, une transmission d’un animal à l’être humain. En janvier 2020, quand l’épidémie a éclaté en Chine, des biologistes chinois ont recueilli des échantillons de particules virales provenant des premiers malades, ont rapidement séquencé leur génome et ont partagé leurs données avec le reste du monde. Cela a permis à d’autres biologistes à travers le monde de constater la chose suivante : le virus SRAS-CoV-2 est extrêmement similaire à un autre coronavirus, le RaTG13, de la chauve-souris rhinolophe (Rhinolophus affinis). Cette parenté avait déjà été soulignée avec le premier coronavirus du SRAS, SRAS-CoV. Pour pénétrer ses cellules cibles, le SRAS-CoV-2 et le RaTG13 s’attaquent aux mêmes structures moléculaires, présentes à la surface de ces cellules : les récepteurs protéiques ACE2 puis TMPRSS2. De toute évidence, le SRAS-CoV-2 est donc bien le résultat d’une évolution du RaTG13 chez l’être humain.

Les scientifiques s’accordent néanmoins sur le fait que cette transmission a bénéficié d’un intermédiaire entre les deux espèces. L’étude menée aujourd’hui par les chercheurs de l’Institut Scripps confirment que le pangolin javanais (ou pangolin malais), alias Manis javanica, qui est grandement braconné puis vendu dans certains marchés d’Asie comme celui de Wuhan, pourrait être cette espèce intermédiaire (aussi appelée, “réservoir”). Plusieurs coronavirus de cette espèce possèdent en effet exactement les mêmes grappins moléculaires (qui permettent au virus de se fixer sur les récepteurs cités plus haut) que le SRAS-CoV-2. Seule une protéine dite de clivage, que le virus utilise pour déverser son matériel génétique dans une cellule qu’il infecte pour se reproduire, diffère entre les coronavirus de la chauve-souris, du pangolin et de l’être humain. Selon les chercheurs, elle est sans doute le fruit de l’adaptation du virus chez l’espèce humaine. Après de multiples reproductions et mutations au fil de ses transmissions inter-humaines, le coronavirus SRAS-CoV-2 a laissé faire la sélection naturelle pour optimiser son ciblage spécifique chez l’humain.

Ainsi, cette grande proximité génétique entre le coronavirus humain SRAS-CoV-2 et d’autres coronavirus animaux pré-existants dans la nature confirment que le premier provient d’un processus naturel. De plus, bien qu’il engendre des symptômes et une pathologie liés très étroitement au SRAS-CoV et au MERS-CoV, ce nouveau coronavirus n’aurait que très peu de points communs avec ces précédents virus d’un point de vue génomique – phénomène résultant probablement de nombreuses mutations et donc d’une évolution naturelle. Un généticien mal-intentionné, même bien équipé, n’aurait jamais pu atteindre un taux de diversité aussi élevé, selon les chercheurs.

Le risque d’une ré-émergence ?

Pour finir, les biologistes californiens soulignent que de plus amples recherches concernant de possibles similarités entre le virus SRAS-CoV-2 et d’autres coronavirus animaux doivent être menées. “Les études en cours, s’intéressant aux pneumonies virales humaines et animales, sont d’une importance capitale”, concluent-ils. En effet, si le virus du COVID-19 comporte aussi des similitudes avec des coronavirus inconnus pré-existants dans le monde animal, il se pourrait qu’il ressurgisse plus facilement qu’on ne le pense au terme de cette pandémie.